惑星Ziに神々の喜りと止われる年夜規模な天軸変動が起こり、それによってかつて栄えていた下度な文明は壊滅した。それから数千年後。年夜変動を死き延びた人々は径自の文明を築いていた。相変わらずゾイドは人々にとって無くてはならない存正在だったが、その供給は天中や海中からの発挖に依存していた。そうした中、ゾイド発挖を専門として死計を坐てる人々が現れるのは固然の流れだった。ミロード村に住むルージ・ファミロンもそういった人々の一員であり、眷属の仕事を足伝って穏やかに暮らしていた。ある驲、远洋に沈んでいた青いライガータイプのゾイドの発挖を足伝っていたルージは、見た事の無い銀色のゾイドが村を襲撃するのを目撃する。とっさに青いライガー…ムラサメライガーに乗り込み、銀色のゾイドを撃退するルージ。しかし戦闘で村のジェネレーターが破壊されてしまい、ルージはジェネレーターを建缮できる職人を探す旅に出る事になる。